Health-RI XNAT Medical Imaging Service
Uitbreidbare Beeldarchief Toolkit. Archiveren, bekijken en analyseren van klinische beeldgegevens.
Over
XNAT is een open source platform voor beeldinformatie. Het vergemakkelijkt gemeenschappelijke beheer-, productiviteits- en kwaliteitsborgingstaken voor beeld- en bijbehorende gegevens.
Health-RI host en ondersteunt deze service voor onderzoeksprojecten die gericht zijn op het archiveren, bekijken en analyseren van klinische beeldgegevens.
Functies XNAT maakt toegang tot gegevens mogelijk via:
- Handmatig uploaden en downloaden via een website
- Met het DICOM® (Digital Imaging and Communications in Medicine)
- protocol een toepassingsprogrammeerinterface (API)
XNAT slaat beelden op samen met beeldafgeleide informatie zoals annotaties en verwerkte versies van de beelden. Het wordt daarom aanbevolen voor grote studies die geautomatiseerde beeldanalyse vereisen door gevorderde, technisch georiënteerde onderzoekers.
Hoewel XNAT mogelijkheden biedt voor het opvragen en bekijken van beelden, kunnen beeldgegevens in XNAT ook worden opgevraagd en opgehaald door veel kijkers via de XNAT Gateway. Deze omvatten populaire kijkers zoals Osirix en 3D Slicer. Zie meer over het bekijken van beelden in XNAT.
Voordelen en voorwaarden voor het gebruik van Health-RI XNAT
- Alleen de Principal Investigator (PI) heeft gegevensbeheer
- Koppelingen naar andere gegevensopslag- en analysehulpmiddelen binnen het Health-RI-platform, waarmee u de specifieke patiëntbeelden in XNAT rechtstreeks kunt openen vanuit het andere hulpmiddel. Hierdoor kunnen onderzoekers casusrapportgegevens, beeldgegevens, experimentele gegevens en biobankinformatie integreren en analyseren.
- Toegang tot gegevens op meerdere centra. De XNAT-omgeving is toegankelijk via internet, waardoor gegevensuitwisseling voor multicenterstudies mogelijk is.
- Kan worden geïmplementeerd in een ecosysteem van onderzoekshulpmiddelen zoals het BBMRI-beeldanalyseplatform.
- Er geldt een beleid voor eerlijk gebruik, gekoppeld aan een gebruiks- en prijsmodel.
- Veilige implementatie door een professionele hostpartij
- Hoogwaardige gebruikersondersteuning via de Health-RI Servicedesk
Aan de slag
Prijzenmodel en voorwaarden
Onderzoeksprojecten die in Nederland zijn gestart, kunnen gebruikmaken van Health-RI XNAT. Een beleid voor eerlijk gebruik is van toepassing op het gebruik van XNAT, gekoppeld aan de algemene voorwaarden en het prijsmodel.
Elke XNAT-studie moet ervoor zorgen dat er geen activiteiten worden uitgevoerd die potentieel verstorend kunnen zijn voor de juiste werking van de XNAT-service in het algemeen (beleid voor eerlijk gebruik). Neem contact op met Health-RI voordat u activiteiten uitvoert die een overmatige belasting kunnen veroorzaken die storend is voor andere gebruikers. Dit omvat: grote gegevensuploads, gebruik van de REST-API, geautomatiseerde gegevensinvoerscripts, enzovoort.
Aanvragen van gebruikers- en collectieaccount
Om XNAT te gaan gebruiken voor uw studie, moeten beelden worden geüpload naar een nieuw project.
Dien een verzoek in bij de Health-RI-servicedesk
- Stuur alstublieft een e-mail naar servicedesk@health-ri.nl en vraag een gebruikersaccount aan voor de Health-RI Self Service Desk, waarin u uitlegt dat u XNAT wilt gebruiken voor uw onderzoeksproject
- Meld u aan bij de Health-RI Service Desk met uw accountgegevens
- Vul het formulier 'XNAT New Collection Request' in voor XNAT en dien het in. Dit verzoek omvat een account voor de persoon die de XNAT-collectie op de Health-RI-server zal beheren en standaard als Collectiebeheerder zal optreden. Deze collectiebeheerder heeft ook een coördinerende rol bij het opzetten van de studie.
De voorbereiding voor het indienen van beelden bij XNAT kan een langdurig iteratief proces zijn, mede vanwege het pseudonimisatieproces. Health-RI maakt gebruik van CTP. Wij raden ten zeerste aan om de instructies in de stapsgewijze handleiding te volgen om uw studie operationeel te krijgen in Health-RI XNAT. Voor vragen of advies kunt u contact opnemen met de Health-RI Servicedesk.
Ondersteuning
Een korte introductie tot het gebruik van XNAT.
Het opzetten van studies en ondersteuning van gebruikers in Health-RI XNAT wordt uitgevoerd door de Health-RI-servicedesk.
Health-RI ondersteunt gebruikers in de Health-RI XNAT-omgeving. Ondersteuning wordt geboden voor specifieke vragen/problemen met betrekking tot de XNAT-software, maar het ondersteuningsmodel gaat uit van een doe-het-zelfaanpak.
Grote gebruikers- en actieve ontwikkelingsgemeenschap
XNAT en CTP worden ondersteund door grote gemeenschappen en/of organisaties die hun voortdurende ontwikkeling garanderen. Als open-source toepassingen kunnen gebruikers de broncode bekijken en verbeteren, die beschikbaar wordt voor de hele gemeenschap.
Gebruikers kunnen vragen stellen, suggesties doen voor nieuwe functies en problemen melden in gebruikersforums of rechtstreeks bij ontwikkelende organisaties. XNAT wordt onderhouden door de Washington University School of Medicine en CTP door de Radiological Society of North America (RSNA).
Training
Op dit moment is er geen formele training beschikbaar voor Health-RI XNAT.
Voor vragen over het XNAT-trainingsprogramma en om een tijdelijke trainingsomgeving aan te vragen, kunt u contact opnemen met de Health-RI-servicedesk.
Verdere informatie
Beveiliging en privacy
Beveiligingsmaatregelen van Health-RI
Health-RI biedt een op maat gemaakt technisch en organisatorisch kwaliteitssysteem om te voldoen aan wettelijke, klant- en ICT-beveiligingseisen te beheren.
Health-RI gebruikt gestandaardiseerde procedures (SOP's) voor het aanmaken van nieuwe gebruikersaccounts om te voldoen aan het datatoegangsbeleid van de data-eigenaar en om ongeautoriseerde toegang tot studiegegevens te voorkomen.
Veilige implementatie door een professionele hostpartij
De Health-RI XNAT-omgeving wordt gehost door Vancis en voldoet aan de ISO 27001-standaard voor informatieveiligheidsbeheer. De netwerkcommunicatie met de XNAT-webtoepassing (inclusief het uploadproces) is beveiligd via het HTTPS-protocol, wat betekent dat ziekenhuizen geen poorten op hun firewall hoeven te openen (onder voorbehoud van de basis-HTTPS-poort die open is voor de buitenwereld). Ons certificaat garandeert dat de Health-RI XNAT-gebruiker daadwerkelijk communiceert met de Health-RI XNAT-omgeving.
Onze infrastructuurarchitectuur is geoptimaliseerd voor gegevensbeveiliging. De XNAT-database wordt elke nacht geback-upt en elke twee jaar voeren we een disaster recovery-test uit.
Health-RI neemt beveiliging serieus op applicatieniveau. Het werkt met gecontroleerde toegang via gebruikersaccounts en autorisatie op het niveau van de studie en de rol. XNAT biedt vergelijkbare autorisatieopties.
Voor elk project in XNAT beslist de datacontroller, meestal de hoofdonderzoeker van het onderzoeksproject of een aangewezen vertegenwoordiger, wie toegang krijgt tot de studie en geeft aan welke rol/autoriteit moet worden toegepast op het gebruikersaccount. Het instituut of de onderzoeker die de gegevens aan Health-RI levert, blijft eigenaar van de gegevens en de toegang tot de gegevens wordt gecontroleerd door de eigenaar. Om te voldoen aan privacyregelgeving is het alleen toegestaan om geanonimiseerde of gepseudonimiseerde gegevens op de Health-RI XNAT-server op te slaan.
De zichtbaarheid van een project/collectie kan worden ingesteld als:
- Openbaar: alle projectgegevens zichtbaar voor de buitenwereld.
- Beschermd: projectbeschrijving zichtbaar voor andere gebruikers, maar beeldgegevens (afgeleid) niet. Gebruikers kunnen toegang aanvragen.
- Privé: Als standaard is het project alleen zichtbaar voor ingelogde projectleden. De datacontroller kan dit op elk moment wijzigen.
De datacontroller kan dit op elk moment wijzigen.
Voor meer informatie, zie: XNAT Gebruikersrollen en Toestemmingen.
Beveiliging op het transportniveau, met name met betrekking tot gegevensverzameling/opname en gegevensconsumptie, wordt gedekt door standaardversleutelingsprotocollen voor versleutelde communicatie via internet.
Huidige versie en release-opmerkingen
1.7.5 (release notes)
XNAT werd oorspronkelijk ontwikkeld als Extensible Neuroimaging Archive Toolkit aan de Washington University in het Buckner Lab, dat zich nu bevindt aan de Harvard University.
Voor informatie over de organisatie achter XNAT, bezoek deze pagina. Voor technische achtergrondinformatie bezoek deze pagina.
Referenties
XNAT:
Marcus DS, Olsen T, Ramaratnam M, Buckner RL: The Extensible Neuroimaging Archive Toolkit (XNAT): An informatics platform for managing, exploring, and sharing neuroimaging data. Neuroinformatics. 2007, 5 (1): 11-34
XNAT.bmia.nl:
Klein S, Vast E, van Soest J, Dekker A, Koek M, Niessen W: XNAT imaging platform for BioMedBridges and CTMM TraIT. Journal of Clinical Bioinformatics. 2015, 5(Suppl 1): S18
About BMIA.nl (in Dutch):
Dekker A, van Soest J, Klein S, Hoekstra R, Groot P, Vast E, Huguet J, Niessen WJ, Boiten J-W, van der Lugt A: BMIA – nationaal biomedisch imaging archief voor onderzoek. MemoRad. 2015, 2: 7-10
Dit kan u ook interesseren 
Erasmus MC Imaging Office data storage and management |
