Health-RI cBioPortal stap-voor-stap

Als u meer wilt weten over of en hoe u cBioPortal kunt gebruiken voor uw onderzoeksgegevens, neem dan contact op met de Health-RI Servicedesk.

Als u nog geen account heeft voor de Health-RI self-service portal, zal er een account voor u worden aangemaakt en zal uw informatieverzoek dienovereenkomstig worden verwerkt. Er zal contact met u worden opgenomen door een lid van het cBioPortal datateam, dat graag al uw vragen zal beantwoorden.

U kunt demonstratiestudies in cBioPortal bekijken op https://www.cbioportal.org/. Voor een meer diepgaande indruk van cBioPortal, de toepassing en het gebruik ervan, kan op verzoek een live demo worden gegeven.

Na de informatieaanvraag zal een lid van het cBioPortal datateam met u bespreken of, en op welke manier, uw datatypes kunnen worden geïmporteerd en gemodelleerd in het cBioPortal data-integratieplatform om de beschikbare data te bekijken, te bevragen en te analyseren.

Er zal ook worden vastgesteld welke soorten query's en analyses kunnen worden uitgevoerd binnen dit data-integratieplatform en welke mogelijk in een andere omgeving moeten worden uitgevoerd (meer gespecialiseerde query's). Tijdens dit gesprek wordt met u besproken welke stappen door u als data-eigenaar moeten worden uitgevoerd en welke stappen door het datateam.

In de stap 'data voorbereiden' kun je al lezen hoe je de data moet voorbereiden en wat de vereisten zijn.

Na de informatieaanvraag en studie-intake bent u vrij om te beslissen of u gebruik wilt maken van cBioPortal. Als u besluit om cBioPortal te gebruiken, kunt u een verzoek indienen om een nieuw onderzoek te laten uitvoeren in de 'sandbox omgeving' van cBioPortal, zoals beschreven in de volgende stap.

Zodra u hebt besloten dat u gebruik wilt maken van cBioPortal voor uw gegevens, kunt u inloggen op de Health-RI Self-Service Portal, 'Services and Request Forms' selecteren en naar 'cBioPortal' gaan en vervolgens 'cBioPortal new study request' invoeren.

Tijdens de voorbereidingsfase hebt u contact gehad met het datateam van cBioPortal om een eerste indruk te krijgen van cBioPortal en de gegevens die u wilt opslaan (zie Study intake). Hier vindt u informatie over hoe u uw gegevens moet voorbereiden voor cBioPortal.

Lees de informatie in het document met gegevensvereisten. Klik op de gegevenstypen die voor u van toepassing zijn (bijvoorbeeld gesegmenteerde gegevens of methyleringsgegevens). Maak een tsv-bestand aan volgens de instructies van deze link.

Als je voorbeelden wilt zien, kun je demonstratiestudies vinden op deze website. De bestanden voor het voorbereiden van gegevens voor deze studies zijn hier te vinden.

In de MSK-IMPACCT-studie zijn bijvoorbeeld klinische, CNA- en mutatiegegevens geüpload voor 10.000 patiënten. Hier kunt u zien hoe de gegevensbestanden zijn voorbereid voor de upload, op basis van de vereisten in het document met vereisten voor gegevens.

Nadat de gegevens zijn voorbereid, moeten ze op een veilige manier worden overgedragen met behulp van het TraIT secure File Transfer Protocol (sFTP). Als u nog geen account hebt voor sFTP, kunt u deze aanvragen via de Health-RI Self-Service Portal.

Om een sFTP-account voor bestandsoverdracht aan te vragen, logt u in op de Health-RI Self-Service Portal, selecteert u 'Services en Aanvraagformulieren' en scrolt u naar beneden naar 'cBioPortal' en klikt u op 'sFTP-account aanvragen'. Nadat de aanvraag is gedaan, ontvangt u inloggegevens en een handleiding waarin wordt uitgelegd hoe u een sFTP-client zoals FileZilla of Cyberduck kunt instellen en gebruiken om de bestanden rechtstreeks over te brengen naar de veilige omgeving van het datateam. Let op: als je in het verleden een sFTP-account hebt ontvangen voor een andere Health-RI tool (bijv. tranSMART), dan kan datzelfde account voor deze stap worden gebruikt.

Na het uploaden van de gegevens moet u de status van uw initiële cBioPortal studieaanvraag bijwerken om het datateam te informeren dat de bestanden zijn geüpload.

Nadat het datateam een melding heeft ontvangen dat de gegevens zijn afgeleverd in de veilige omgeving, maken ze een interne werkmap aan voor uw onderzoek op de beveiligde ETL server (Extract, Transform and Load). In deze werkdirectory worden initiële gegevenscontroles uitgevoerd om er zeker van te zijn dat de gegevens klaar zijn om naar cBioPortal te worden geladen.

De gegevenscontroles omvatten het onderzoeken of de gegevens correct zijn aangeleverd volgens het document met gegevensvereisten (zie 'Voorbereiding van gegevens').

Als er fouten worden gevonden in de gegevens, zal het datateam feedback geven. Kleine problemen die niet veel werk vereisen, worden door het datateam opgelost. Fouten zoals ontbrekende verplichte velden zijn fouten die het datateam vaak niet zelf kan oplossen. In deze gevallen moet u - de eigenaar van de gegevens - de gegevens of bestanden corrigeren met behulp van de feedback van het datateam. De feedback zal nauwkeurig genoeg zijn om het probleem op te sporen en te verhelpen.

Als de gegevens in orde zijn en de gegevensformulieren volledig lijken, dan zal het datateam een update sturen dat de gegevens in goede orde zijn ontvangen en dat de volgende stappen nu kunnen worden genomen.

De aangeleverde gegevens zijn correct aangeleverd volgens het document met gegevensvereisten (zie 'Voorbereiding van gegevens'). Vervolgens worden de gegevens verwerkt door het datateam op de ETL-server (Extract, Transform, Load), waarna ze worden geüpload naar de cBioPortal acceptatieserver. Dit is een stabiele en veilige cBioPortal omgeving met als doel het modelleren en itereren van uw gegevens.

Nadat de gegevens zijn geladen naar de cBioPortal acceptatieserver, wordt het initiële laadresultaat gecontroleerd door de gegevenslader. Als er iets mis is gegaan bij het uploaden, kan dit worden gecorrigeerd. Als alles goed is gegaan, wordt de eigenaar van de gegevens hiervan op de hoogte gesteld.

Om in te loggen in cBioPortal moet de gebruiker een Google-account hebben. Als de gebruiker nog geen Google-account heeft, kan hij/zij er een aanmaken op accounts.google.com/signup.

Nadat de eigenaar van de gegevens een melding heeft ontvangen dat het onderzoek klaar is voor acceptatie, kan toegang worden verleend aan andere gebruikers. Toegang tot het onderzoek bij acceptatie wordt geregeld via de Health-RI Self-Service Portal. Een verzoek voor toegang kan worden gedaan door 'Services en Aanvraagformulieren' te selecteren, naar beneden te scrollen naar 'cBioPortal' en vervolgens te klikken op 'cBioPortal toegang tot bestaande studie'. Vul het formulier in, zorg ervoor dat u de juiste studienaam, de juiste omgeving (acceptatie) en de juiste rol selecteert.

Nadat de gegevens zijn geladen en gecontroleerd, krijgt de eigenaar van de gegevens toegang tot de studie in de acceptatieomgeving voor een eerste controle van hun eigen gegevens in cBioPortal. Eventuele opmerkingen of aanpassingen die passen binnen het cBioPortal model worden opgepakt door het datateam om de weergave van uw data in cBioPortal te verbeteren.

Hebt u feedback op het onderzoek zoals het momenteel wordt weergegeven in cBioPortal? Geen probleem; het datateam helpt u graag om de feedback te verwerken in het laadproces van de gegevens. Houd er rekening mee dat uitgebreide wijzigingen in de datamapping of in de brongegevens mogelijk ook vereisen dat u als eigenaar van de gegevens de aangeleverde gegevens aanpast.

Nadat het onderzoek is gemodelleerd in de acceptatieomgeving en u tevreden bent met de weergave in cBioPortal, is de volgende stap het verplaatsen van het onderzoek naar de productieserver. De productieserver is een stabiele omgeving waar versies van de gegevens worden geladen om te gebruiken in uw onderzoek.

Om uw onderzoek van de acceptatie- naar de productieserver te verplaatsen, moet een formeel verzoek worden ingediend bij het datateam. Het verzoek wordt gedaan door in te loggen op de Health-RI Self-Service Portal, 'Services and Request Forms' te selecteren, naar 'cBioPortal' te gaan en 'cBioPortal new study request' in te voeren. Deze keer kan in het formulier het verzoek worden gedaan om uw gegevens naar de productieomgeving van cBioPortal te laden.

Nadat het datateam het verzoek heeft ontvangen om de huidige versie van acceptatie naar productie te laden, worden de gegevens naar de productieserver geladen. Na het laden van de gegevens controleert de gegevenslader of de gegevens correct zijn geladen. Wanneer het onderzoek beschikbaar is in productie, wordt toegang verleend aan de hoofdonderzoeker/gedelegeerde en wordt er een melding verstuurd.

U kunt nu gebruik maken van uw studie in cBioPortal. Toegang voor andere gebruikers kan worden aangevraagd via de Health-RI Self-Service Portal. Als u als data-eigenaar of andere gebruikers een snelle tutorial van 30 minuten over cBioPortal wilt, waarin u alle basisbeginselen leert, dan kunt u het trainingsmateriaal downloaden dat op aanvraag beschikbaar is.

Vervolgens bent u vrij om uw gegevens in cBioPortal aan uw collega's te demonstreren. Indien nodig kan een lid van het datateam aanwezig zijn bij de demo om verdere uitleg of verduidelijking te geven indien nodig.

Het is altijd mogelijk dat gegevens na verloop van tijd worden bijgewerkt of dat er fouten in de geleverde invoergegevens worden ontdekt en aanpassingen nodig zijn.

Om wijzigingen of aanpassingen aan te brengen in een bestaande studie in cBioPortal, kan een verzoek worden ingediend door in te loggen op de Health-RI Self-Service Portal. Selecteer 'Services en Aanvraagformulieren' en ga naar 'cBioPortal' om een 'cBioPortal update existing study' formulier in te vullen. Geef in de opmerkingen aan dat de studie moet worden aangepast. Het datateam neemt na ontvangst van de aanvraag contact met u op.