BBMRI.nl Image analyse platform

Het mogelijk maken voor onderzoekers om medische beeldgegevens en beeldanalysepipelines te delen.

    Over

    Biomedische beeldvorming speelt een sleutelrol in gezondheidsonderzoek. Het beeldvormingsplatform vergemakkelijkt de analyse van medische beeldgegevens en de generatie van beeldvormende biomarkers voor onderzoek. Het platform is eenvoudig te implementeren, zowel in uw lokale instituut als op nationale onderzoeksinfrastructuur. De meegeleverde beeldanalysepipelines zijn gevestigde methoden die hun prestaties hebben bewezen op grote datasets. Beeldanalyseonderzoekers die hun beeldanalysepipelines aanbieden, profiteren ook van het gebruik van deze infrastructuur.

    Het BBMRI.nl Image Analysis Platform vergemakkelijkt het uitvoeren van medische beeldanalysepipelines op medische beelden. Het biedt de gebruiker een XNAT-medische beeldarchief voor het opslaan van beeldgegevens, een flexibel platform voor het uitvoeren van analysepipelines op deze beelden om beeldvormende biomarkers te produceren, en een viewer om tussentijdse en eindresultaten te inspecteren. Beeldanalysepipelines kunnen worden gedeeld om te worden uitgevoerd in uw eigen instituut of op nationale supercomputerfaciliteiten. De tools die worden gebruikt voor verwerking worden geleverd onder een open-source licentie.

    Hier onder in 'Aan de slag'  een overzicht van alle componenten van het Image Analysis Platform.

    Aan de slag

     
    image_infra_bbmri


    De bovenstaande afbeelding geeft een overzicht van de componenten:

    • Studiebeheerder: De Studiebeheerder is een geautomatiseerde gegevens- en statusbeheerder. Deze service houdt de status bij van alle gegevensmonsters (meestal scansessies) in de studie en
    • Taakmanager: De Taakmanager beheert taken voor handmatige interactie met beeld- en afgeleide gegevens. Taken kunnen aan de Taakmanager worden toegevoegd door de Studiebeheerder via zijn REST API, maar kunnen ook zelfstandig worden gebruikt.
    • Health-RI XNAT: XNAT is een open source beeldinformatieplatform ontwikkeld door de Neuroinformatics Research Group aan de Washington University. Het vergemakkelijkt gemeenschappelijk beheer, productiviteit en kwaliteitsborgingstaken voor beeldvorming en bijbehorende gegevens. XNAT is een gehoste nationale service van Health-RI, maar kan ook worden gehost in uw instituut.
    • ViewR: Aanpasbare kijksoftware gebaseerd op MeVisLab. Deze viewer ontvangt zijn lay-out van de Taakmanager via een sjabloonssysteem en stelt de gebruiker in staat beoordelingen, annotaties of inspecties uit te voeren op medische beelden op gecoördineerde wijze. Een lichtgewicht alternatief voor de ViewR is pysnap. Neem contact op met de platformcoördinator als u geïnteresseerd bent in het gebruik van de ViewR.
    • FASTR: FASTR is een raamwerk dat helpt bij het creëren van workflows van verschillende tools. De workflows die in FASTR worden gemaakt, worden automatisch versterkt met flexibele gegevensinvoer/uitvoer, uitvoeringsopties (lokaal, cluster, enz.) en solide herkomstgegevens. Deze tool is ontwikkeld door het Erasmus MC in BBMRI WP3 en WP5. (Apache 2.0)
    • PIM: Webframework voor online Pipeline Inspection and Monitoring. Biedt een REST API voor interoperabiliteit met pipeline-engines. Fastr ondersteunt het visualiseren van de pipelines en hun voortgang in PIM. Deze tool is ontwikkeld door LUMC in BBMRI WP3. (GPL)
    • StrongR: maakt echt elastische schaalvergroting van batchprocessen in de cloud mogelijk, waardoor pipeline-frameworks kunnen profiteren van de voordelen van cloud computing. Het zal worker nodes creëren wanneer er verwerkingskracht nodig is en ze uitschakelen wanneer dat niet het geval is. Het staat procesopschaling toe wanneer er meer vraag is naar rekenkracht. StrongR kan communiceren met meerdere cloudproviders, waardoor gebruikers kunnen verwerken in de cloud van hun keuze. StrongR is ontwikkeld door het Erasmus MC in BBMRI WP3. (Apache 2.0)

    Voor informatie over het gebruik van BBMRI-Imaging kunt u contact opnemen met de Imaging Platform Coordinator: Marcel Koek of de Health-RI Service Desk.

    Ondersteuning

    Onderzoekers kunnen contact opnemen met de Health-RI Service Desk voor ondersteuning.

    Verdere informatie

    Geïmplementeerde pipelines

    Het Image Analysis-platform wordt voortdurend ontwikkeld.

    De volgende beeldanalysepipelines zijn geïmplementeerd in het platform:

    • Populatie-gebaseerde statistische analyse van hersenstructuren (LUMC)
    • Segmentatie van het hele brein (EMC)
    • Segmentatie van weefsels (EMC)
    • Segmentatie van witte stofletsels (EMC)
    • Segmentatie van hersenstructuren (EMC)
    • Segmentatie van epische vet (EMC)
    • Intracraniaal volume (UMCU)
    • DTI-metingen (UMCU)
    • Segmentatie van subcorticale structuren (Donders Institute)
    • Onafhankelijke connectiviteitsparcellatie (Donders Institute)
    • Ruimtelijke Trend Surface-modellen (Donders Institute)

       
    • Website van BBMRI.nl
    • Website van de European Population Imaging Infrastructure
    • Beschrijving van de XNAT-service zoals gehost door Health-RI
    • Organisatie op GitLab waar platformspecifieke broncode is geplaatst
       

    BBMRI.nl WP leaders:

    BBMRI.nl Image analyse platform
    Tools
    BBMRI-NL, EPI-2, TraIT