Erasmus MC Imaging Office medical image analysis
Toepassing van in-huis ontwikkelde en open-source (automatische) image analyse methoden voor medische beelden (e.g. CT, MRI, etc.)
OVER
In het dynamische landschap van medische beeldvorming is toegang tot de nieuwste imaging technologieën en expertise van cruciaal belang. Het Imaging Office van de afdeling Radiologie & Nucleaire Geneeskunde van het Erasmus MC biedt een uitgebreid aanbod aan diensten richtend op het ondersteunen bij alle aspecten die verband houden met medische beeldvorming. Van data opslag tot (software voor) (automatische) beeld-analyse tot implementatie in de kliniek, het Imaging Office fungeert als toegangspoort tot de gecombineerde kennis en vaardigheden van de afdeling. Ook in een vroeg stadium van de voorbereidingen op een subsidie aanvraag waarbij beeldvorming een rol speelt of van een willekeurig imaging-gerelateerd project, denkt het Imaging Office graag mee over de vervolgstappen.
We hebben toegang tot een grote variëteit aan indrukwekkende AI tools, ontwikkeld door onze eigen onderzoekers. Met de hulp van onze ervaren research software engineers, kunnen we deze, en andere state-of-the-art open-source tools, inzetten voor hoge kwaliteit image analyse.
Voorbeelden
We noemen hier wat voorbeelden van tools die we kunnen inzetten, georganiseerd per lichaamsdeel. Houd er rekening mee dat de lijst niet uitputtend is en elke dag groeit. Schroom daarom ook niet op contact op te nemen als de tool voor jouw specifieke use-case niet genoemd staat!
Imaging niet specifiek voor een lichaamsdeel
- Automatische orgaansegmentatie op CT (zie figuur hieronder)
- Automatische orgaansegmentatie op MRI (zie figuur hieronder)
- Automatische orgaansegmentatie op verschillende modaliteiten
- Minimaal-interactieve zachte weefsel-tumoren segmentatie op MRI of CT
- Automatische tumorsegmentatie (en morfologie metingen, zoals RECIST) op verschillende modaliteiten
- Automatische radiomics analyse om voorspellingsmodellen te ontwikkelen op verschillende modaliteiten
- Automatische tumor kwantificatie (e.g. diagnose) gebruikmakend van een eerder ontwikkeld radiomics model (e.g. lever, weke delen, rectale tumoren) op MRI of CT
- Super-resolutie methode voor multi-slice MRI
- Automatische registratie voor een varieteit aan toepassingen
Brein imaging
- Automatische brein(regio) segmentatie/volume op MRI
- Analyse van witte stofbanen op brein diffusie MRI
- Arterial spin labelling (ASL) kwantificatie op brein MRI
- Witte stof laesie segmentatie op brein MRI
- Automatische labelling van MRI scans naar T1, T1C, T2, PD en afgeleiden
- Automatische glioma segmentatie op MRI
- Multi-parametrische analyse van het brein op (geavanceerde) (PET-)MRI sequenties
- Collaterale scoring voor patiënten met een beroerte op CTA
- Segmentatie van de breinvaten op CTA
- Automatische TICI scoring voor patiënten met een beroerte op DSA
- Brein atlas probability maps
Thoracic imaging
Musculoskeletal imaging
- Automatische botleeftijdbepaling op DXA scans van de hand
- Uitgebreide knie(structuren) segmentatie op MRI
- Uitgebreide heup(structuren) segmentatie op MRI
- Verschillende biomarkers voor een varieteit aan (groei)stoornissen aan de heup
(Samenwerking met) andere afdelingen:
Medische beeldvorming beperkt zich niet tot de afdeling van Radiologie & Nucleaire Geneeskunde. Denk eens aan automatische 3D metingen aan de schedel voor neurochirurgie en een automatische risico-beoordeling voor huidkanker op basis van reguliere fotografie voor dermatologie. Binnen de oogheelkunde heb je bijvoorbeeld automatische segmentatie van de kegelreceptoren in AO-FIO beelden, een algoritme om automatisch endotheelcellen te tellen en een varieteit aan manuele en AI-assisted beoordelingsopties voor beelden van de retina voor de kwantificatie van het deel aangetast door ziekte (bijvoorbeeld AMD) en morfologie (bijvoorbeeld vasculatuur en retina lagen) aangeboden door het EyeNED Reading Center. In de longgeneeskunde is er een variëteit aan (semi-)automatische luchtwegmetingen en kwantificatiemogelijkheden voor structurele longziekten (zoals CF en BPD) voor long CT scans, uitgevoerd door onze collega’s van LungAnalysis. In de gynaecologie kunnen er automatisch metingen worden gedaan op 3D echo’s om de feutale groei te beoordelen tijdens zwangerschap. Vanuit een epidemiologisch perspectief, is het erg waardevol om bepaalde metingen zo goed mogelijk te standaardiseren voor studies met een erg groot deelnemersaantal, bijvoorbeeld bij het meten van verkalkingen in de halsslagader vertebrobasilaire slagader op CT scans. Ten slotte zou je bijvoorbeeld pathologie beelden kunnen integreren met (een van origine) radiologische pipeline voor automatische diagnose.
Als een van deze voorbeelden de interesse heeft gewekt, schroom dan niet om contact op te nemen, dan brengen we je graag in contact met de betrokken personen!
Aan de slag
Het Imaging Office werkt met een gestandaardiseerd aanvraagformulier, waarop kan worden aangegeven welke diensten worden aangevraagd op het gebied van imaging data, beeldanalyse en beeldverwerking. Het formulier hier ingediend worden. Na ontvangst van het volledig ingevulde aanvraagformulier wordt binnen drie werkdagen een ontvangstbevestiging gestuurd en wordt binnen tien werkdagen een intakegesprek ingepland. Op basis van het intakegesprek wordt besloten of het verzoek kan worden doorgezet.
Gebruiksvoorwaarden
- De uitkomsten van elk beeldanalyse gerelateerd verzoek zijn sterk afhankelijk van de kwaliteit van de data en het gebruikte algoritme. Het Imaging Office kan geen enkele garantie geven over de uiteindelijke kwaliteit van de resultaten.
- Als er een pipeline voor beeldanalyse wordt aangevraagd met een laag Technology Readiness Level (TRE), zijn de kosten/tijdlijnen/resultaten moeilijk te voorspellen. De aanvrager dient hiervan op de hoogte te zijn.
- Als het project resulteert in schriftelijke resultaten (bijvoorbeeld een master thesis of een publicatie), moet er op de juiste wijze naar het werk van het Imaging Office worden gerefereerd. Indien het werk voldoet aan de criteria voor co-auteurschap, dient de medewerker van Imaging Office als co-auteur te worden vermeld. Indien het niet aan de criteria voldoet, dient het Imaging Office vermeld te worden onder acknowledgements. Als het werk bestaat uit het toepassen van een pipeline voor beeldanalyse, moet naar de publicatie over deze pipeline worden verwezen. Indien er geen publicatie bestaat, dient de pipeline-ontwikkelaar vermeld te worden onder acknowledgements.
- Een kwaliteitscontrole op de opgeleverde resultaten is de verantwoordelijkheid van de aanvrager (tenzij anders overeengekomen) binnen drie maanden.
Eerlijk gebruik en prijzen
Aan de dienstverlening zijn kosten verbonden. Deze kosten kunnen worden meegenomen in een subsidieaanvraag. Een indicatie van de prijs kunt u opvragen via e-mail.
Beveiligingsmaatregelen
De volgende beveiligingsmaatregelen zijn van toepassing:
- Als data gedeeld wordt, wordt er gebruik gemaakt van een data transfer agreement (DTA)
- Als data wordt verwerkt, wordt er gebruik gemaakt van een verwerkingsovereenkomst
- Beelddata wordt alleen gedeeld en verwerkt na (pseudo-)anonimisatie
